Problem written bigendian mammo images

CODY57 · Nov 22nd 2014

Ok, it works partially,images are stored correctly in conquest,I can then retrieve it without problem but the quality is very bad compared with the same image loaded directly in KPACS.

marcelvanherk · Nov 23rd 2014

Hm,

can you look into the header and find items of type US? My script may have skipped one or two.

Marcel

marcelvanherk · Nov 23rd 2014

Can you post a headerdump?

Marcel

CODY57 · Nov 23rd 2014

Hi Marcel,

I just found this:

Code

(0088,0200) SQ    (empty) # 0 IconImageSequence
   (0028,0000) UL    90  # 4 ImagePresentationGroupLength
   (0028,0002) US    256  # 2 SamplesPerPixel
   (0028,0004) CS    [MONOCHROME2 ] # 12 PhotometricInterpretation
   (0028,0010) US    16384  # 2 Rows
   (0028,0011) US    13568  # 2 Columns
   (0028,0100) US    2048  # 2 BitsAllocated
   (0028,0101) US    2048  # 2 BitsStored
   (0028,0102) US    1792  # 2 HighBit
   (0028,0103) US    0  # 2 PixelRepresentation
   (7fe0,0000) UL    3400  # 4 PixelDataGroupLength

Display More

Jean-Christophe

marcelvanherk · Nov 23rd 2014

Hi JC,

this shows the importconverters did not work.

Marcel

CODY57 · Nov 23rd 2014

Her is the complet header dump:

Code

(0002,0000) UL    196  # 4 FileMetaInformationGroupLength
(0002,0001) OB    \00\01 # 2 FileMetaInformationVersion
(0002,0002) UI    [1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1.2.1] # 30 MediaStorageSOPClassUID
(0002,0003) UI    [1.2.840.113619.2.66.2216950631.1729141104090305.85] # 50 MediaStorageSOPInstanceUID
(0002,0010) UI    [1.2.840.10008.1.2.1] # 20 TransferSyntaxUID
(0002,0012) UI    [1.2.826.0.1.3680043.2.135.1066.101] # 34 ImplementationClassUID
(0002,0013) SH    [1.4.16/WIN32] # 12 ImplementationVersionName
(0008,0000) UL    840  # 4 IdentifyingGroupLength
(0008,0005) CS    [ISO_IR 100] # 10 SpecificCharacterSet
(0008,0008) CS    [ORIGINAL\\PRIMARY\\ ] # 18 ImageType
(0008,0016) UI    [1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1.2.1] # 30 SOPClassUID
(0008,0018) UI    [1.2.840.113619.2.66.2216950631.1729141104090305.85] # 50 SOPInstanceUID
(0008,0020) DA    [20141104] # 8 StudyDate
(0008,0021) DA    [20141104] # 8 SeriesDate
(0008,0022) DA    [20141104] # 8 AcquisitionDate
(0008,0023) DA    [20141104] # 8 ContentDate
(0008,0030) TM    [090107.000000 ] # 14 StudyTime
(0008,0031) TM    [090301.000000 ] # 14 SeriesTime
(0008,0032) TM    [090254.000000 ] # 14 AcquisitionTime
(0008,0033) TM    [090305.000000 ] # 14 ContentTime
(0008,0050) SH    [779201411040013 ] # 16 AccessionNumber
(0008,0060) CS    [MG] # 2 Modality
(0008,0064) CS    [WSD ] # 4 ConversionType
(0008,0068) CS    [FOR PROCESSING] # 14 PresentationIntentType
(0008,0070) LO    [GE MEDICAL SYSTEMS] # 18 Manufacturer
(0008,0080) LO    [xxxxxxxxxxxxxx ] # 16 InstitutionName
(0008,0081) ST    [xxxxxxxxxxx ] # 34 InstitutionAddress
(0008,0090) PN    [xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx] # 20 ReferringPhysicianName
(0008,1010) SH    [aws ] # 4 StationName
(0008,1030) LO    [MAMMOB] # 6 StudyDescription
(0008,103e) LO    [MAMMOGRAPHIE BILATERALE ] # 24 SeriesDescription
(0008,1050) PN    [xxxxxxxxxxxxxxxxxxx] # 20 PerformingPhysicianName
(0008,1070) PN    [CO] # 2 OperatorsName
(0008,1090) LO    [Senographe Essential ADS_43.10.1] # 32 ManufacturerModelName
(0008,1110) SQ    (empty) # 0 ReferencedStudySequence
   (0008,0000) UL    78  # 4 IdentifyingGroupLength
   (0008,1150) UI    [1.2.840.10008.3.1.2.3.1] # 24 ReferencedSOPClassUID
   (0008,1155) UI    [1.2.250.1.59.999.354.7792014110400131] # 38 ReferencedSOPInstanceUID
(0008,2218) SQ    (empty) # 0 AnatomicRegionSequence
   (0008,0000) UL    42  # 4 IdentifyingGroupLength
   (0008,0100) SH    [T-04000 ] # 8 CodeValue
   (0008,0102) SH    [SNM3] # 4 CodingSchemeDesignator
   (0008,0104) LO    [BREAST] # 6 CodeMeaning
(0010,0000) UL    80  # 4 PatientGroupLength
(0010,0010) PN    [xxxx ] # 16 PatientName
(0010,0020) LO    [779117217 ] # 10 PatientID
(0010,0030) DA    [19650105] # 8 PatientBirthDate
(0010,0040) CS    [F ] # 2 PatientSex
(0010,1010) AS    [049Y] # 4 PatientAge
(0018,0000) UL    1000  # 4 AcquisitionGroupLength
(0018,0015) CS    [BREAST] # 6 BodyPartExamined
(0018,0060) DS    [29] # 2 KVP
(0018,1000) LO    [8423fb67] # 8 DeviceSerialNumber
(0018,1020) LO    [Ads Application Package VERSION ADS_43.10.1 ] # 44 SoftwareVersions
(0018,1030) LO    [ROUTINE ] # 8 ProtocolName
(0018,1110) DS    [660 ] # 4 DistanceSourceToDetector
(0018,1111) DS    [660 ] # 4 DistanceSourceToPatient
(0018,1114) DS    [1 ] # 2 EstimatedRadiographicMagnificationFactor
(0018,1147) CS    [RECTANGLE ] # 10 FieldOfViewShape
(0018,1149) IS    [229\191 ] # 8 FieldOfViewDimensions
(0018,1150) IS    [1593] # 4 ExposureTime
(0018,1151) IS    [61] # 2 XRayTubeCurrent
(0018,1152) IS    [99] # 2 Exposure
(0018,1153) IS    [98900 ] # 6 ExposureInuAs
(0018,1160) SH    [STRIP ] # 6 FilterType
(0018,1164) DS    [0.094090909\0.094090909 ] # 24 ImagerPixelSpacing
(0018,1166) CS    [RECIPROCATING\\FOCUSED ] # 22 Grid
(0018,1190) DS    [0.3 ] # 4 FocalSpots
(0018,1191) CS    [RHODIUM ] # 8 AnodeTargetMaterial
(0018,11a0) DS    [82] # 2 BodyPartThickness
(0018,11a2) DS    [80] # 2 CompressionForce
(0018,1405) IS    [10067 ] # 6 RelativeXRayExposure
(0018,1508) CS    [MAMMOGRAPHIC] # 12 PositionerType
(0018,1510) DS    [0 ] # 2 PositionerPrimaryAngle
(0018,1531) DS    [0 ] # 2 DetectorSecondaryAngle
(0018,1700) CS    [RECTANGULAR ] # 12 CollimatorShape
(0018,1702) IS    [0 ] # 2 CollimatorLeftVerticalEdge
(0018,1704) IS    [1915] # 4 CollimatorRightVerticalEdge
(0018,1706) IS    [0 ] # 2 CollimatorUpperHorizontalEdge
(0018,1708) IS    [2295] # 4 CollimatorLowerHorizontalEdge
(0018,5101) CS    [CC] # 2 ViewPosition
(0018,6000) DS    [0.0086727412] # 12 Sensitivity
(0018,7000) CS    [YES ] # 4 DetectorConditionsNominalFlag
(0018,7001) DS    [30.734713 ] # 10 DetectorTemperature
(0018,7004) CS    [SCINTILLATOR] # 12 DetectorType
(0018,7005) CS    [AREA] # 4 DetectorConfiguration
(0018,7006) LT    [DETECTOR VERSION 2.0 MTFCOMP 2.1] # 32 DetectorDescription
(0018,700a) SH    [PL027_04] # 8 DetectorID
(0018,700c) DA    [20141009] # 8 DateOfLastDetectorCalibration
(0018,701a) DS    [1\1 ] # 4 DetectorBinning
(0018,7020) DS    [0.1\0.1 ] # 8 DetectorElementPhysicalSize
(0018,7022) DS    [0.1\0.1 ] # 8 DetectorElementSpacing
(0018,7024) CS    [RECTANGLE ] # 10 DetectorActiveShape
(0018,7026) DS    [240\307.2 ] # 10 DetectorActiveDimensions
(0018,7030) DS    [389\1 ] # 6 FieldOfViewOrigin
(0018,7032) DS    [0 ] # 2 FieldOfViewRotation
(0018,7034) CS    [NO] # 2 FieldOfViewHorizontalFlip
(0018,7050) CS    [RHODIUM ] # 8 FilterMaterial
(0018,7060) CS    [AUTOMATIC ] # 10 ExposureControlMode
(0018,7062) LT    [AOP standard RECTANGLE 1435 mm 610 mm 180 mm 240 mm EXP DOSE 68410 nGy PRE-EXP DOSE 6841 nGy PRE-EXP THICK 57 mm PRE-EXP COMPO 50 % PRE-EXP KV 34 PRE-EXP TRACK Rh PRE-EXP FILTER Rh PADDLE 1 FLATFIELD no] # 202 ExposureControlModeDesc
                  ription
(0018,7064) CS    [NORMAL] # 6 ExposureStatus
(0020,0000) UL    168  # 4 ImageGroupLength
(0020,000d) UI    [1.2.250.1.59.999.354.7792014110400131] # 38 StudyInstanceUID
(0020,000e) UI    [1.2.840.113619.2.66.2216950631.7936141104090301.10003] # 54 SeriesInstanceUID
(0020,0010) SH    [MAMMOB] # 6 StudyID
(0020,0011) IS    [167256] # 6 SeriesNumber
(0020,0013) IS    [1 ] # 2 InstanceNumber
(0020,0020) CS    [A\\R ] # 4 PatientOrientation
(0020,0062) CS    [L ] # 2 ImageLaterality
(0028,0000) UL    182  # 4 ImagePresentationGroupLength
(0028,0002) US    1  # 2 SamplesPerPixel
(0028,0004) CS    [MONOCHROME1 ] # 12 PhotometricInterpretation
(0028,0010) US    2294  # 2 Rows
(0028,0011) US    1914  # 2 Columns
(0028,0100) US    16  # 2 BitsAllocated
(0028,0101) US    14  # 2 BitsStored
(0028,0102) US    13  # 2 HighBit
(0028,0103) US    0  # 2 PixelRepresentation
(0028,0300) CS    [NO] # 2 QualityControlImage
(0028,0301) CS    [NO] # 2 BurnedInAnnotation
(0028,1040) CS    [LIN ] # 4 PixelIntensityRelationship
(0028,1041) SS    256  # 2 PixelIntensityRelationshipSign
(0028,1052) DS    [0 ] # 2 RescaleIntercept
(0028,1053) DS    [1 ] # 2 RescaleSlope
(0028,1054) LO    [US] # 2 RescaleType
(0028,1300) CS    [NO] # 2 BreastImplantPresent
(0028,2110) CS    [00] # 2 LossyImageCompression
(0040,0000) UL    208  # 4 ModalityWorklistGroupLength
(0040,0275) SQ    (empty) # 0 RequestAttributesSequence
   (0040,0000) UL    70  # 4 ModalityWorklistGroupLength
   (0040,0007) LO    [MAMMOGRAPHIE BILATERALE ] # 24 ScheduledProcedureStepDescription
   (0040,0009) SH    [7792014110400131] # 16 ScheduledProcedureStepID
   (0040,1001) SH    [MAMMOB] # 6 RequestedProcedureID
(0040,0302) US    0  # 2 EntranceDose
(0040,0306) DS    [578 ] # 4 DistanceSourceToEntrance
(0040,0310) ST    [50 %] # 4 CommentsOnRadiationDose
(0040,0316) DS    [0.01492 ] # 8 OrganDose
(0040,0318) CS    [BREAST] # 6 OrganExposed
(0040,0555) SQ    (empty) # 0 AcquisitionContextSequence
(0040,8302) DS    [10.067] # 6 EntranceDoseInmGy
(0045,0000) UL    5400  # 4 GroupLength
(0045,0010) UN    [GEMS_SENO_02] # 12 ?
(0045,1006) UN    [0 ] # 2 ?
(0045,101b) UN    [LCC ] # 4 ?
(0045,1020) UN    [772.3703] # 8 ?
(0045,1026) UN    \20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20\20
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                     \ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\08\0b\0b\0b\0b\0b\0b\0b\0b\0a\0a\0a\0b\0b\0c\0e\0e\11\15\1a\22\2f\48\db\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\09\0c\0c\0c\0b\0b
                     \0b\0b\0b\0b\0b\0c\0d\0e\10\11\14\17\1c\24\2f\42\d5\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\0a\0c\0c\0c\0c\0c\0c\0d\0c\0d\0e\0e\0f\11\13\15\19\1e\23\30\41\d5\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff
                     \ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\0b\0d\0d\0d\0e\0e\0d\0e\0e\0f\10\11\12\14\17\1b\20\28\33\51\da\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\0d
                     \0e\0e\0f\0f\0f\0f\0f\10\11\13\14\16\19\1c\23\2c\37\75\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\0e\0f\10\10\10\10\11\12\13\15\17\19\1c\20\27\30\39\9e\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff
                     \ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\0f\11\12\12\12\13\13\15\16\19\1c\20\25\2d\34\58\d8\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff\ff
                     \ff\ff\ff\ff # 3392 PixelData
(2050,0000) UL    16  # 4 PresentationLUTGroupLength
(2050,0020) CS    [INVERSE ] # 8 PresentationLUTShape
(7fe0,0000) UL    8781440  # 4 PixelDataGroupLength
(7fe0,0010) OW    (not loaded) # 8781432 PixelData

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Jean-Christophe

CODY57 · Nov 23rd 2014

I think it works partialy,the first US is changed:

Code

(0028,0002) US    1  # 2 SamplesPerPixel(0028,0004) CS    [MONOCHROME1 ] # 12 PhotometricInterpretation(0028,0010) US    2294  # 2 Rows(0028,0011) US    1914  # 2 Columns(0028,0100) US    16  # 2 BitsAllocated(0028,0101) US    14  # 2 BitsStored(0028,0102) US    13  # 2 HighBit(0028,0103) US    0  # 2 PixelRepresentation

but the others,at the end,not:

Code

(0088,0200) SQ    (empty) # 0 IconImageSequence
   (0028,0000) UL    90  # 4 ImagePresentationGroupLength
   (0028,0002) US    256  # 2 SamplesPerPixel
   (0028,0004) CS    [MONOCHROME2 ] # 12 PhotometricInterpretation
   (0028,0010) US    16384  # 2 Rows
   (0028,0011) US    13568  # 2 Columns
   (0028,0100) US    2048  # 2 BitsAllocated
   (0028,0101) US    2048  # 2 BitsStored
   (0028,0102) US    1792  # 2 HighBit
   (0028,0103) US    0  # 2 PixelRepresentation
   (7fe0,0000) UL    3400  # 4 PixelDataGroupLength

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Jean-Christophe

marcelvanherk · Nov 23rd 2014

Correction: it does not correct the iconimage. You would need separate converters for that, e.g.,

ImportConverter16 = Data.IconImage[1].HighBit = swab(Data.IconImage[1].HighBit)
etc

So this is easy to fix.

Next, also the pixel data needs to be swabbed.

ImportConverter18 = for i=0, Data.Rows-1 do local a=Data:GetRow(i) for j=0,Data.Columns-1 do a[j]=swab(a[j]) end Data:SetRow(i, 0, a) end

Marcel

CODY57 · Nov 24th 2014

Hi Marcel,

Data.IconImage[1] don't works,I change it to:
Data.IconImageSequence

So the end of my dicom.ini is:

Code

[lua]ImportConverter0 = function swab(a) return math.floor(a/256)+256*(a%256) endImportConverter1 = Data.SamplesPerPixel = swab(Data.SamplesPerPixel)ImportConverter2 = Data.Rows = swab(Data.Rows)ImportConverter3 = Data.Columns = swab(Data.Columns)ImportConverter4 = Data.BitsAllocated = swab(Data.BitsAllocated)ImportConverter5 = Data.BitsStored = swab(Data.BitsStored)ImportConverter6 = Data.HighBit = swab(Data.HighBit)ImportConverter7 = Data.PixelRepresentation = swab(Data.PixelRepresentation)ImportConverter11 = Data.IconImageSequence.SamplesPerPixel = swab(Data.IconImageSequence.SamplesPerPixel)ImportConverter12 = Data.IconImageSequence.Rows = swab(Data.IconImageSequence.Rows)ImportConverter13 = Data.IconImageSequence.Columns = swab(Data.IconImageSequence.Columns)ImportConverter14 = Data.IconImageSequence.BitsAllocated = swab(Data.IconImageSequence.BitsAllocated)ImportConverter15 = Data.IconImageSequence.BitsStored = swab(Data.IconImageSequence.BitsStored)ImportConverter16 = Data.IconImageSequence.HighBit = swab(Data.IconImageSequence.HighBit)ImportConverter17 = Data.IconImageSequence.PixelRepresentation = swab(Data.IconImageSequence.PixelRepresentation)ImportConverter18 = for i=0, Data.Rows-1 do local a=Data:GetRow(i) for j=0,Data.Columns-1 do a[j]=swab(a[j]) end Data:SetRow(i, 0, a) end

I use a batch file to modify explictbigendian to explictlittlendian in each dicom files(in the folder c:\image) and then copy the images in the incoming folder from conquest:

Code

@echo off
dir c:\gsar121\image /A /B /O:GEN > c:\gsar121\filelist.txt
for /f %%a in (filelist.txt) do call :Commande %%a
xcopy c:\image "D:\dicomserver1417d\data\incoming" /E /R /C /I /Y /H /G
:Commande
C:\gsar121\gsar.exe -s1.2.840.10008.1.2.2 -r1.2.840.10008.1.2.1 -o "C:\gsar121\image\%1"

I just tried with some files and it works!

Thanks for your help,Marcel!

marcelvanherk · Nov 24th 2014

Great, and thanks for sharing.

I am still not quite sure how the files got corrupted. Do you have any logs (they automatically zip) of the files being written?

Marcel

marcelvanherk · Nov 25th 2014

Summary after looking at some logs:

Accepted transfer syntax is 1.2.2 BigEndianExplicit, Values like rows are wrongly writen to the database.

Thus errors are:
data not swapped on reading but still interpreted like LittleEndian
transfer syntax not set to 1.2.1
writing 1.2.2 seems to swap elements, but not VR lengths

These bugs show that it is essential to keep BigEndianExplicit disabled in dgatesop.lst

Marcel

Problem written bigendian mammo images

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